Bukit Rhema menyediakan beberapa ruang doa pribadi yang tenang bagi siapa saja yang ingin berdoa. Lokasi ruang-ruang doa terletak di lantai bawah tanah gedung merpati.
Ruangan – ruangan tersebut memang khusus untuk berdoa karena sebagaimana Bukit Rhema yang dikenal dengan Gereja Ayam Magelang ini bukan Gereja melainkan Rumah Doa Bagi Segala Bangsa.